Partizione

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volevo sapere se usando il caso 2 di questa guida mi si cancellano tutti i file che ho dentro Windows

nessuno???

se usi il dvd dello stesso sistema operativo no... se ne usi un altro dovrebbe crearsi la cartella windows.old che salva la vecchia versione, coi documenti e tutto.. gli altri file credo si perdano ma non ne sono certo

No, perché non installi una nuova versione, togli solo il grub (il boot manager di Ubuntu) facendo partire solo quello di Windows.
Dopo che hai fatto il ripristino però se vuoi togliere Ubuntu del tutto devi cancellare anche le sue partizioni.